Fisk som skal rakes må være av beste kvalitet. Alle tiltak som er mulige å iverksette for å ivareta fisken for å hindre forurensing, må tas i bruk. Fisken bør ikke være i kontakt med jord. Ved rensing må fisken behandles slik at fiskekjøttet ikke kommer i kontakt med uønskede bakterier fra fiskens tarminnhold. I tillegg er god personlig hygiene svært viktig.

Salt er en av de mest effektive faktorene for å kontrollere veksten av bakterier. Den vanligste saltmengden som benyttes til rakefisk er mellom 5% og 6% grovsalt pr. kg renset fisk.

Botulisme er en sykdom som ofte blir brakt på bane i forbindelse med rakefisk. Botulisme er en farlig form for matforgiftning som kan oppstå etter at man har spist mat hvor bakterien Clostridium botulinum har utskilt giftstoffer (botulinumtoksin). Denne type bakterier vokser i luftfrie omgivelser (i butter). Den er sporedannende og derfor tilnærmingsvis umulig å bli kvitt dersom den har fått mulighet til å etablere seg. Giften som produseres er en av de farligste nervegifter vi kjenner til. Riktig kombinasjon av salt og temperatur danner en forholdsvis effektiv barriere mot vekst av giftproduserende botulismebakterier, sammen med gode lagringsforhold og rutiner for å hindre kryssforurensing.

Bakterien Listeria monocytogenes kan forårsake infeksjonssykdommen listeriose. For å unngå denne bakterie må det satses på god hygiene. Denne bakterien finnes ute i naturen, og hvis produksjonsrutinene ikke er hygienisk gode nok, kan den finne veien inn i produksjonsmiljøet. Risikogruppen for denne bakterien er gravide og deres fostre, nyfødte barn, eldre og andre med nedsatt immunforsvar.